在军事一战略层次，指挥权从军方转交给FSB是一个重要举措。出于两种原因考虑这似乎是一个错误的决策。其一，在考虑国防部所属部队和强力部门所属部队之间作战能力的区别方面存在失误。俄国人应该从第一次乍臣冲突及达吉斯坦冲突认识到，有效的指挥和控制结构对于军事行动起着至关重要的作用。在上述由MVD指挥的陷于失败的作战行动中，绝大多数情况下都是冈为其与国防部所属部队之间协同不力所造成的，尤其是在呼叫炮兵和空中支援时更是如此。这次，另一个强力部门FSB受命从军方接过指挥权，并证明这次冲突属于国内

冲突而不是战争，然而，FSB可能也面临与MVD相同的问题，即没有指挥各军种协同作战的经验。其二，考虑到指挥和控制因素，将指挥权交给FSB是一个错误。在SB取得作战指挥权后，建立了新的指挥部，这是一个重要的新决策，与此前获得的作战经验背道而驰。第一次车臣冲突已表明，指挥权的分散将酿成灾难性后果。而这次俄军又统一的联合指挥部内设立了新的指挥部，由FSB领导的这两个指挥部很可能与分别位于莫斯科的俄军总参谋部及车臣的联合指挥部在指挥上发生冲突，在这个问题上，俄军显然没有汲取教训。

　　俄军国防部所属部队和强力部门之间的协同逐步有所改善，尤其是组建了由各军种和部队组成的联合指挥部，并设置了协调地面和空中作战行动的FAC系统。据空中力量指挥官戈班科称，在组建联合指挥部后，国防部和MVD所属部队之间没有发生问题。友军之间的误击事故虽仍有发生，但比达吉斯坦冲突和第一次车臣冲突少。

　　2002年8月19日，俄军损失了第35架直升机(1架米一26)，这也成为俄军空中力量指挥和控制权调整的分水岭。一周后，据来自俄国防部的消息称，到2002年底，陆航的指挥权将由陆军交给空军。做出这一决策的原因可能是陆军指挥官们错误地使用直升机。这一决策意味着俄空军

　　在俄国防部所属空中力量的指挥和控制权方面地位有所提高。因此可得出结论，陆航指挥和控制权的重新划分将有助于空中力量的统一指挥，这也是俄军从第二次车臣冲突中汲取的重要教训。

　　俄军的心理战却非常成功。他们使用“感情”战术，劝说居民迫使叛军撤出村庄从而避免整个村庄被摧毁。在攻陷格罗兹尼之前，俄军飞机抛撒传单敦促市民撤离该市，并将撤离时间定为5天。

　　在战役一战术层次，俄军在秋季发动进攻是一种反常做法，因为这意味着俄军领导层不得不面对较差的天气条件。大雪阻碍了地面进攻，也使车臣叛军有机会增大其反击力度。虽然这种做法在政治上有利，但从军事角度看，秋季在高加索地区发起军事行动无疑是一场冒险。

　　起初，俄军的进攻给人一种稳步推进的印象。在发起地面进攻之前采用重炮和空中轰炸以及慢速推进的战法较为成功，并避免了俄军遭受其在第一次车臣冲突中那样的重大伤亡。然而，在占领车臣大部分地区后，俄军不得不面对车臣叛军实施的游击战。不幸的是，俄军仍未制定出针对持续时间较长的叛乱行动的作战战术，因此依旧使用常规战术与采用非常规战术的车臣叛军作战。此前使用的远程空中和地面炮火攻击在这一作战阶段对游击战战术无能为力。这种非对称作战使得冲突的结局仍然无法确定。

　　俄军从第一次车臣冲突所汲取的教训是提高对空中支援的指挥能力以及加强空军、陆航和MVD的协同作战能力。在联合指挥部内，所有空中力量(国防部及强力部门)都实行统一指挥。FAC被部署至团级甚至是连级部队。按照这种方式，地面的战术指挥员可以直接与空中支援力量进行联系，使得空中力量的运用更加有效。然而，如果俄军的军费结构性调整没有影响到装备和人员的战备状态，其空中作战力量本来可能取得更好的作战成效。